Управление Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации по Томской области было образовано 30 сентября 2016, оно организационно входит в состав Сибирского округа войск национальной гвардии Российской Федерации. Приказом Директора Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации –главнокомандующего войсками национальной гвардии Российской Федерации генерала армии Виктора Васильевича Золотова начальником Управления Росгвардии по Томской области был назначен полковник полиции Раис Рамильевич Айбатов, до этого с 2004 года возглавлявший Управление вневедомственной охраны УМВД России по Томской области.

С августа 2025 года Управление Росгвардии по Томской области возглавляет полковник полиции Евгений Алексеевич Щербаков.